Au lycée Kunugigaoka se trouve la classe 3-E, exclus dans les montagnes pour étudier et, surtout, pour assassiner leur professeur, Koro-sensei.
En effet, cet étrange créature, ressemblant à un smiley avec des tentacules, a réussi à trouer la lune jusqu’à ce que celle-ci en devienne un croissant !
Il posa alors ses conditions au gouvernement : devenir le professeur de la classe 3-E. Cependant, si d’ici une année aucun de ses élèves ne parvient à le tuer, la Terre connaîtra le même sort que celui de la Lune !
"Si une personne y arrive, elle recevra la somme astronomique de 10 milliards de yens" !

C’est ainsi que ce groupe d’élèves va apprendre l’art de tuer de différentes manières mais aussi commencer à s’attacher à ce drôle de professeur.